京杭大运河流经6省市，北连环渤海经济圈，南接长三角，将两个经济增长极一线相连；京杭大运河贯通了钱塘江、长江、淮河、黄河、海河5大水系，南水北调工程又赋予其新的使命；京杭大运河常年行驶着10多万艘船只，是一条水上大通道。

目前，江南运河和长三角部分骨干航道已成功禁航挂桨机船，按照计划，明年1月1日起京杭运河山东段和苏北段也将禁航挂桨机船。京杭运河原有的4万余艘挂桨机船目前已拆解改造了3.5万艘，向3万船户发放补贴资金累计近10亿元。 

到2007年，挂桨机船将全部退出京杭运河航运市场，2010年，京杭运河船型标准化率将达到80%。随着挂桨机船明显减少，船舶水体、噪音污染明显降低，航道、船闸的通过能力大幅提高。

“十一五”期间，山东、江苏、浙江三省计划投资200亿元用于京杭大运河航道整治。整治完成后，京杭大运河最低航道等级将达到三级，1000吨级的单机船可从山东东平湖直达浙江杭州，运力将提高40%。目前各项工程已经逐步开始施工建设。 

“十一五”期间，山东省将投资14.7亿元利用南水北调河道续建京杭大运河济宁以北至东平湖段。该段全长98公里，通航规划近期以1000吨级的船队为主，远期以2000吨级船队为主，运量将达到1000万吨以上。江苏省将在5年内斥资100亿元用于京杭运河江苏段的整治，其中85亿元将用于苏南运河四级航道改造为三级航道，改造完成之后的苏南运河运力将提高一倍，1000吨级的船舶将能够畅通无阻。浙江省将投入60多亿元改造京杭大运河浙江段航道，通过拓宽、挖深、改道等工程，使通航标准从现在的四级提高到三级，同时，杭州市将按三级标准实施运河二通道建设，通道全长40公里，投资概算50亿元，计划2010年完工。